In der Flensburger Innenförde wird seit 2003 durch die Firma Flensburger Förde – Muscheln GmbH Wildmuschelfischerei (Miesmuscheln) betrieben. Für eine Verlängerung der Fanggenehmigung in diesem Gebiet musste 2008 eine FFH-Verträglichkeitsstudie durchgeführt werden, da die Fischerei teilweise innerhalb bestehender FFH-Gebiete und EU-Vogelschutzgebiete bzw. in deren unmittelbarer Nähe stattfindet. Im Rahmen dieser Untersuchung wurden potentielle Auswirkungen der Muschelfischerei auf die für die Schutzgebiete formulierten Erhaltungsziele ermittelt und bewertet.